①「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」について
この申告書の意味合いを理解していない方が多いため説明いたします。
この申告書は主たる勤務先に提出することによって始めて、毎月の給与を月額甲蘭で税額計算してもらえ、年末になると年末調整してもらえるというものです。
したがって、この申告書を提出しないと、勤務先は毎月の給与を月額乙蘭で計算することになり、年末調整もすることはできません。
源泉徴収義務者である会社等の税務調査において、この申告書を従業員やパートから収受していなかったばかりに、月額乙蘭と認定され追徴されるはめになります。
住職や宮司も宗教法人が主たる勤務先であれば宗教法人にこの申告書を提出しなければ月額甲蘭による税額計算も年末調整もできないことになりますので注意が必要です。
②2か所給与の源泉徴収について
平日は会社に勤務して土日は宗教法人の仕事をしている住職や宮司の方も多いかと思います。この場合は、一般的には会社が主たる勤務先で宗教法人が従たる勤務先になります。
したがって、会社のほうに「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出することによって月額甲蘭による税額計算及び年末調整がされ、月額乙蘭で計算された宗教法人の給与と合算して確定申告することになります。
③兼務寺から給与がある場合について
主たる勤務先の宗教法人に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出して月額甲蘭による税額計算及び年末調整をし、兼務寺の給与は月額乙蘭で計算します。そして、両方の給与を合算して確定申告することになります。
ただし、兼務寺の給与を給与としてではなく、主たる勤務先である宗教法人の役僧収入として受け取れば、主たる勤務先である宗教法人で年末調整をすることができ、確定申告をする必要がありません。